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Scientific Animation

At the LS2N

  • 2021 - Lead for the Life Science transversal theme of the LS2N
     

  • 2019 - 2020, and since 2022
    Associate mission head     for the Life Science transversal theme of the LS2N

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Conferences and Workshops

 

  • BIOSTEC/BIOINFORMATICS (2015) 6th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms
    Lisbon, Portugal,  12-15 january
    Co-chair with Prof. O. Pastor
     

  • BIOSTEC/BIOINFORMATICS (2014) 5th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms
    Angers,  3-6 march
    Co-chair with Prof. O. Pastor
    Oscar Pastor, Christine Sinoquet, Guy Plantier, Tanja Schultz, Ana L. N. Fred, Hugo Gamboa (Eds.): BIOINFORMATICS 2014 -             Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, ESEO, Angers, Loire Valley, France, 3-6 March, 2014. SciTePress 2014, ISBN 978-989-758-012-3

 

  • MODGRAPH (2010)
    Probabilistic graphical models for the integration of complex data and the discovery of causal models in biology
    Montpellier, 6 september, JOBIM satellite
    Initiator and main organizer, 30 participants
     

  • JFRB (2010)
    French-speaking meeting on Bayesian networks
    Nantes, 10-11 may, 34 participants
    Member of the organizing committee
     

  • JOBIM (2009)
    Yearly scientific event of the French-speaking bioinformatics community
    Nantes, 9-11 june, 337 participants
    Member of the organizing committee
     

  • MODGRAPH (2009)
    Probabilistic graphical models for the integration of complex data and the discovery of causal models in biology
    Nantes, 8 june, JOBIM satellite, 42 participants
    Initiator and main organizer

     

International Scientific Meetings
 

  • Personalized Medicine (2014)Nantes, 15 decemberInitiator and main organizer, in collaboration with the Institut du Thorax, Biofortis and the Quartier de la Création, Nantes, 60 participants
    Initiator and main organizer
     

  • RAGAS (2011)
    Recent Advances for Genetic Association Studies
    Nantes, 23 september, 55 participants
    Initiator and main organizer
     

  • BILBI (2010)
    Integrative Biology
    Nantes, 21 october, 61 participants
    Co-organizer for the BIL regional Bioinformatics Research project
     

  • BILGWAS (2010)
    Genome wide Association Studies
    Nantes, 28 january 2010, 55 participants
    Initiator and main organizer

     

Seminars
 

  • 2022
    Organizer of a mini-series of two seminars on data anonymisation
    Seminar 1. 1 march 2022 (virtual)
    Pierre-Antoine Gourraud, CHU de Nantes, Université de Nantes
    Générer des données synthétiques centrées sur le patient : plus de raison de faire courir un risque de réidentification dans l'analyse des données biomédicales
    Cyril Grouin, Pierre Zweigenbaum, Aurélie Névéol, Laboratoire Interdisciplinaire des Sciences du Numérique,
    Université Paris-Saclay, Orsay
    Désidentification de textes : une tâche de détection d'entités ;  désidentification de textes médicaux : état de l'art
    Évaluation du risque de réidentification de textes
    Une autre voie : la création de données artificielles

    Seminar 2. 8 march 2022 (virtual), including tutorial with ARX
    Benjamin Nguyen, Laboratoire d'Informatique Fondamentale d'Orléans,
    INSA Centre Val de Loire & Université d’Orléans
    GdR Sécurité Informatique / GT Protection de la Vie Privée
    Techniques d'anonymisation de données
     

  • 2007-2008
    Organizer of the seminars for the BIL regional Bioinformatics Research project.
    These seminars were held in turn in Nantes (LINA, PolyTech'Nantes) and Angers (LERIA): 17 invited speakers.

    Seminar 1. 26 april 2007, Nantes

    David Tregouet, INSERM U525, Faculté de Médecine Pitié-Salpêtrière
    Intérêt de la prise en compte de l'information haplotypique dans le cadre des études d'association

    Seminar 2. 31 may 2007, Nantes

    Jean-Francois Gibrat, Mathématique, Informatique et génome, INRA, Jouy-en-Josas
    Analyse de génomes microbiens en utilisant la plate-forme d'annotation AGMIAL

    Seminar 3. 27 september 2007, Angers

    Anne Poupon, Laboratoire de Génomique Structurale, IBBMC, Université Paris-Sud
    Utilisation de diagrammes de Voronoi dans l'étude de la structure tridimensionnelle des protéines

    Seminars 4 and 5. 29 november 2007, Nantes

    Marie-Dominique Devignes, Equipe Orpailleur Extraction et représentation de connaissances,  LORIA Nancy
    Méthodes bioinformatiques pour la recherche de gènes candidats :  l'approche ACGR

    Christian Dina,Génétique des maladies multifactorielles CNRS UMR 8090,Institut Pasteur de Lille, Université de Lille 2
    Recherche de gènes dans les maladies complexes par puces à ADN
    Seminars 6 and 7. 31 janvier 2008, Angers
    Bertrand Servin,Laboratoire de génétique cellulaire, INRA Toulouse
    Analyse d'études d'association par imputations de génotypes
    Marie Chabbert, équipe Biologie Neurovasculaire Intégrée (Unité mixte CNRS-INSERM) UMR CNRS 6188
    Modélisation des récepteurs couplés aux protéines G : apports de la biologie structurale et de la phylogénie
    Seminars 8 and 9. 27 march 2008, Nantes
    Maude Pupin, Equipe de Bio-informatique SEQUOIA, Laboratoire d'Informatique de Lille
    Outils bioinformatiques pour étudier les peptides non ribosomaux
    Louis Wehenkel, Biomod, GIGA centre of applied genoproteomics of the University of Liège
    Les ensembles d'arbres extrêmement aléatoires et leurs applications en bio-informatique
    Seminar 10. 29 may 2008, Angers
    Claudine Devauchelle,Laboratoire Statistiques et Génome, Evry
    Approche combinatoire pour l'analyse multiple de séquences biologiques : application à l'étude des topoisomérases IA
    Seminars 11 and 12. 02 october 2008, Nantes
    Marie Chabbert,Equipe Biologie Neurovasculaire Intégrée (Unitémixte CNRS-INSERM) UMR CNRS 6188, Angers
    Evolution structurale des récepteurs couplés aux protéines G
    Mylène Maurin,doctorante BIL, équipe MOVES, IRCCyN, UMR C.N.R.S. 6597, Nantes
    Modélisation de réseaux de régulation génique par pi-calcul stochastique: Application au phage lambda
    Seminars 13 and 14. 04 december 2008, Angers
    Hadi Quesneville,Unité de Recherches en Génomique-Info (UR INRA 1164),INRA, Centre de recherche de Versailles
    Genomic and genetic data integration : the high throughput challenge
    Sylvain Gaillard, Alix Pernet, Fabrice Foucher,Unité Mixte de Recherches INRA / INH / Université d'AngersGénétique et Horticulture (GenHort)
    Polymorfind : un outil pour détecter les SNP et indel sur des séquences issues de sequençage direct de produit PCR pour des espèces hétérozygotes. Application au rosier et à la vigne
    Seminars 15 and 16. 05 february 2009, PolyTech Nantes
    Kristel Van Steen, Department of Electrical Engineering and Computer Science,Montefiore Institute, University of Liège
    MB-MDR based screening strategies to detect high-order genetic interactions in (un-)related individuals
    Sophie Lèbre, Université de Strasbourg, LSIIT - UMR 7005
    Inférence de réseaux génétiques variant au cours du temps par MCMC à sauts réversibles, application à la réponse au stress chez la levure et au développement de la drosophile
    Seminar 17. 26 march 2009, Angers
    Pierre Tuffery,INSERM, UMR-S 973, Recherche de Molécules à visée Thérapeutique par approches in silico
    Méthodologie en bioinformatique structurale: des protéines aux drogues en passant par les peptides, à l'UMR-S 973 et sur la plate-forme RPBS


    PhD Conference Days
     

  • 2021
    Organizor of the PhD students' Day for Life Science transversal theme of the LS2N; Nantes, 2 july
    Dawood Alchanti (SIMS) Unsupervised Domain Adaptation in Medical Image Segmentation
    Noémie Moreau (IPI) Segmentation et caractérisation des tumeurs osseuses sur des images TEP/TDM dans le cadre du cancer du sein métastatique
    Constance Fourcade (SIMS) Recalage d'images PET pour le suivi du cancer du sein métastasé
    Honglu Sun (MeForBio) An Artificial Intelligence framework to improve the learning of dynamic models of gene regulatory networks from time series data
    Sophie Le Bars (Combi) Integration of regulatory network to metabolic network
    Hugo Boisaubert (DUKe) Conception automatisée de scénarios d'apprentissage variés, pour l’acquisition et la consolidation d’expertise en anesthésie à partir de donnée réelles : enjeux et défis de l'exploitation des données de Santé
    Tristan Gomez (IPI) Améliorer l’interprétabilité de l’attention : un modèle d’attention haute résolution précis et interprétable appliqué aux vidéos time-lapse d’embryons humains
    Fatoumata Dama (DUKe) Analyse à grande échelle de traces d’événements et de séries temporelles multivariées interdépendantes, en contexte incertain. Application en anesthésie
    Adrien Bazoge (TALN) Extraction d’informations dans des comptes rendus cliniques textuels
    Sirine Sayadi (STACK) Secure distribution of Factor Analysis of Mixed Data (FAMD)
    Wilmer Garzon (STACK) Towards Fully-Distributed Collaborations for Biomedical Data Analysis
    Mickael Tardy (SIMS) Morphology-based losses for weakly supervised segmentation of mammograms / Fonctions de perte basées sur la morphologie pour la segmentation faiblement supervisée des mammographies
    Sébastien Levilly (SIMS) Super-résolution du flux sanguin en IRM de flux 4D
     

  • 2008
    Organizor of the Special seminar "PhD Conference Day of the BIL Project"; Nantes, 30 june
    Solenne Carat, doctorante 2ème année
    Construction de réseaux de régulation transcriptionnelle
    IRTUN - L'institut du thorax -INSERM U915 Nantes / LINA-Combi Nante
    Freddy Cliquet, doctorant 2ème année
    Des spectres MS/MS à l'identification des protéines: interprétation des données issues de l'analyse d'un mélange de protéines d'un organisme non séquencé
    INRA-BIA Nantes / LINA -Combi Nantes
    Raphaël Mourad, doctorant 1ère année
    Méthodes bio-informatiques à l'échelle du génome pour une approche intégrée génétique/génomique des dystrophies valvulaires
    IRTUN - L'institut du thorax -INSERM U915 Nantes / LINA-COD Nantes
    Hoai-Tuong Nguyen, doctorant 1ère année
    Etude différentielle des réseaux de régulation géniques impliqués dans les pathologies cancéreuses et réponse thérapeutique : approche évolutionnaire basée sur les réseaux bayésien
    INSERM U601 Nantes / LINA-COD Nante
    Sami Laroum, doctorant 1ère anné
    Prédiction de la localisation subcellulaire des protéines dans un contexte de recherche de protéines candidates
    INRA-BIA Nantes / LERIA Anger
    Abdelaziz Belkadi, doctorant 1ère année
    Génomique fonctionnelle des tumeurs riches en mitochondries
    INSERM U694 Angers / LINA-COD Nantes

 

 

 

 

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